米国法人の場合は、【全世界所得による合算会計】をおこないます。
これは米国外の収入や支出も合算で組み入れて、利益や税額を計算するものです。
「（米国での収入＋日本での収入）-（米国での経費＋日本での経費）＝利益」ということになり、この利益から米国の税率によって納税額が算出されます。

また,一方で日本支店には「日本国内に源泉のある収入分だけを国内で申告し納税する」というルールがあり、「日本での収入 - 日本での経費＝利益」で、この利益から日本での税額が算出されます。
もちろんこの税金は日本で納めることになります。日米の間には「二重課税防止」の協定がありますので、日本で納めた税金分は米国で納める必要がありません。ですので日本の支店だけに売り上げがある場合は米国での会計は不要ということになり、日本支店だけ申告と納税をすることになります。

日本では会社の売り上げがゼロであったり、利益が出ず一切の課税所得がなかった場合でも法人税の最低額7万円を納めねばなりませんが、米国は課税所得がない場合税金を納める必要がありません。　また米国と日本でそれぞれ売り上げがある場合は、「全世界所得による申告と納税」により両国での会計処理が必要になります。

実際、申告と納税は英文ベースでおこなわれますので、米国在住の会計士のほうが何かと都合がいいと思います。日本の税理士にお願いする場合は、国際税務会計士を探さなくてはなりません。しかも、申告と実際の納税は米国でおこなわなくてはなりませんので、かなり高額の料金になると思われます。

日米の税法では「日本に源泉があるものに関しては日本で納税、海外に源泉があるものに関しては海外で納税」と定めています。ですので日本とハワイ両国で営業しているような場合は、日本支店の売上げに関しては日本で納税、ハワイ本社の売上げ関しては米国で納税ということになります。

しかし、弊社でハワイに法人設立をする方の中には、自分一人で会社を設立し、1人で日本において営業活動をおこなっている方も沢山います。国税局では源泉の考え方として、「役務の提供をどこでおこなっているか」という事を重視するような方向で対処しています。役務の提供とは、「その仕事をどこでやったか？」ということです。ハワイに法人があり、「この仕事は米国本社の分だ」と言っても実際に日本で行っている仕事（ハワイに事務所がなく、ハワイで人件費等の発生が無い）だとしたらこれは日本に源泉があるということになりますので、当然売上と経費は日本で納税申告することになります。

日本の法人は通常、税務上有利な青色申告の申請をします。
日本に会社があり営業をおこなう以上どんな会社でも同じです。源泉所得税の額、社会保険料、経費の扱いも通常の内国法人と同じです。仮に個人であっても商売をおこなう以上申告に関しては必要なことです。

法人の場合は複式簿記での記帳義務があり、簿記上取引も沢山発生しますので経理事務は大変です。仕訳や記帳に不慣れな人は、税理士と顧問契約などをして毎月の経理を見てもらう事をお勧めします。あるいはパソコンの会計ソフトを使う事も1つの方法と思います。

弊社では、お客さまのご希望により米国法人設立に際して低コストの料金で税務会計実務を提供する会計士あるいは米国公認会計士をご紹介させて頂いております。
※ご要望があれば、日本での税務・会計士さんをご紹介いたします。

弊社は「ハワイ州法人設立登記」「外国会社の登記」の手続き自体を代行しておりますので申し込みになられたお客様の会社運営・営業活動・その他の行為に関しては一切関知いたしません。　また、法人設立後、業務上・税務上・その他の問題が発生し損害を被ったとしても弊社は一切の責任を負いませんのでご了承下さい。

※会社法第821条の「外国会社を利用した日本の会社法制の脱法行為を禁止するという趣旨」 に基づき、マネーロンダリングや税金逃れのための米国法人設立のご利用は固くお断りします。